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熙寧小課-第165期 | RT-qPCR及NGS檢測在呼吸道合胞病毒感染藥物臨床試驗中的應用
發(fā)布作者:熙寧生物發(fā)布時間:2024-12-25

PART 01

RSV病毒概述


呼吸道合胞病毒(Respiratory Syncytial Virus,RSV)是一種RNA病毒,是急性下呼吸道感染的主要原因。感染好發(fā)在秋冬季節(jié)。尤其是免疫功能低下的兒童和老年人容易受到嚴重感染,也是嬰幼兒住院的主要原因之一。特別在5歲以下的嬰幼兒中,感染率更高,嚴重威脅兒童健康。


PART 02

RSV感染藥物臨床實驗法規(guī)要求


2023年4月,CDE發(fā)布的《呼吸道合胞病毒感染藥物臨床試驗技術指導原則》中指出, “對于預防試驗,所有發(fā)生有癥狀 RSV 感染 (即預防失敗的患者都應接受中心實驗室進行的病毒學評估,以確認 RSV感染?!?同時指出“由于可能合并感染,還應進行多種呼吸道病毒的診斷的檢測試驗?!?/span>

在耐藥性分析的部分,指導原則指出“應對來自治療失敗患者的基線和失敗后分離物進行基因型表征和比較,以確定是否存在耐藥病毒,如果存在,則耐藥病毒是否存在于基線或患者體內。如果 RSV 分離株的基因型分析確定出現(xiàn)了一種表達新突變的病毒,則應對其進行表型表征?!?/span>

因此,對于RSV以及其他常見呼吸道病原體進行分型,溯源進化和耐藥分析是RSV藥物臨床試驗中重要的組成部分。


PART 03

RSV病毒檢測方法介紹


RSV感染的實驗室檢測方法包括:

由賽諾菲和阿斯利康共同研發(fā)的預防嬰兒RSV感染的單克隆抗體Beyfortus (nirsevimab),臨床試驗中使用RT-PCR,一代測序和二代測序進行了分型鑒定和耐藥分析。熙寧|精翰生物擁有完成性能驗證的基于PCR和NGS的RSV檢測自主方法學,供申辦方臨床試驗使用。


基于RT-qPCR分型及定量分析


參考《人呼吸道合胞病毒感染診斷,CT/CPMA 028-2023》中的附錄A(規(guī)范性)實驗室檢測方法A2:核酸檢測,進行方法開發(fā)。對于提取的核酸樣品進行雙通道熒光定量RT-PCR方法檢測HRSV核酸(N基因)。

標準品為:人呼吸道合胞病毒A型核糖核酸液體室內質控品和人呼吸道合胞病毒B型核糖核酸液體室內質控品。


● 

交叉驗證:RSV A或B型引物探針分別與RSV B或A型病毒反應,均無交叉反應,且陰性對照均未檢出。

● 

檢測靈敏度:RSV A ~21 copies/mL;RSV B~71 copies/mL



表1 交叉驗證結果

表2 靈敏度結果

注:RSV A定量分析  

標曲-斜率:-3.489  Y軸截距:40.588  R2:0.995 擴增效率:93.485

注:RSV B定量分析

標曲-斜率:-3.396 Y軸截距:42.731 R2:0.998  擴增效率:96.991


基于二代測序的RSV及呼吸道病原體檢測


本檢測對包括呼吸道合胞病毒在內的14種呼吸道病原體(呼吸道合胞病毒、新型冠狀病毒、流感病毒、普通冠狀病毒、副流感病毒、腺病毒、鼻病毒、偏肺病毒、博卡病毒、柯薩奇病毒、腸道病毒、肺炎支原體、肺炎衣原體、肺炎鏈球菌)基因組全長進行測序。


表3 14種呼吸道病原體信息匯總


病原體測序應用場景:


· 呼吸道病原體感染定性檢測;

· 呼吸道病原體分型,溯源,進化分析;

· 耐藥呼吸道病原體變異位點分析;

· 標準病原體菌株污染檢測。


RSV測序結果報告展示:


圖1 病原體種類及占比

注:

1. 由于探針存在非特異性捕獲,可能包含部分宿主序列或無法鑒定的序列來源。總體比例<100%;

2. 僅對占比超過5%的病原體基因組重組裝及后讀分析。


圖2 呼吸道合胞病毒菌株分型及質控信息


圖3 親緣關系進化樹


PART 04

熙寧生物|精翰生物RSV檢測服務優(yōu)勢






熙寧生物|精翰生物具有豐富全面的項目經(jīng)驗

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完善的檢測平臺,一站式檢測服務能力;

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豐富的中和抗體、結合抗體、病毒載量等檢測經(jīng)驗;

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高通量的中和抗體評估方法,基于ELISA、Fluorescence、Luminescence;

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豐富的細胞免疫研究經(jīng)驗,ELISpot (IFN-γ, IL-4),ICS (CD3, CD4, CD8, IFN-γ, IL-2, TNF-α, CD40L);

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豐富的基因檢測經(jīng)驗,包括呼吸道病原體測序和RSV分型的定量RT-qPCR檢測;

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全血穩(wěn)定劑,將全血分離PBMC時長延長到48小時,解決疫苗臨床運營痛點;

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自有P2與合作P3實驗室;

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豐富的自主方法學;

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豐富的疾病模型經(jīng)驗,完善的檢測服務平臺:動物房、流式、生化、細胞、病理等。




高效運營,中美實驗室高效協(xié)同,支持全球多中心臨床




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支持中美、中澳,多中心,大樣本量的臨床試驗;

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豐富的海外樣品進口經(jīng)驗。




專業(yè)、年輕和穩(wěn)定的團隊,保障項目高質量快速穩(wěn)定推進







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